En 1939, ante la amenaza inminente de una nueva guerra con Alemania, Bélgica resucitó una vez más su armada como Cuerpo Naval.
Esta nueva armada, compuesta principalmente por pequeños patrulleros y unidades de artillería costera, duró apenas un año hasta la invasión alemana de mayo de 1940. Durante la campaña de 18 días, el arrastrero A4 evacuó gran parte de la reserva de oro del gobierno a Gran Bretaña, mientras que otras unidades ayudaron en la evacuación aliada en Dunkerque.
Durante la Segunda Guerra Mundial, muchos miembros del Cuerpo Naval, junto con pescadores y marineros mercantes belgas, escaparon a Gran Bretaña con el deseo explícito de luchar contra los ocupantes alemanes. La Royal Navy aprovechó esta oportunidad para alistar a los belgas en grupos separados de barcos con tripulación más o menos enteramente belga. De 1940 a 1946, la sección belga de la Royal Navy británica tripuló dos corbetas (“Buttercup” y “Godetia”), un escuadrón de dragaminas MMS y tres lanchas patrulleras (“Phrontis”, “Electra” y “Kernot”). En 1946, Gran Bretaña donó los barcos a Bélgica. Estos buques se convirtieron en la columna vertebral de la nueva Armada belga.
