El estallido de la Segunda Guerra Mundial sorprendió a la Armada polaca en un estado de expansión.
Al carecer de superioridad numérica, los comandantes navales polacos decidieron retirar los principales buques de superficie a Gran Bretaña para unirse al esfuerzo bélico aliado y evitar que fueran destruidos en un Báltico cerrado (el Plan de Pekín). El 30 de agosto de 1939, tres destructores (ORP «Błyskawica”, ORP «Grom” y ORP «Burza”) navegaron hacia la base naval británica de Leith en Escocia. Luego operaron en combinación con buques de la Royal Navy contra Alemania. También dos submarinos lograron huir del Mar Báltico a través del Estrecho danés a Gran Bretaña durante la campaña polaca de septiembre (uno de ellos, ORP «Orzeł”, escapó audazmente del internamiento en Tallin, Estonia, y viajó sin cartas). Tres submarinos fueron internados en Suecia, mientras que los aviones alemanes hundieron los demás buques de superficie.
Durante la guerra, la Armada polaca en el exilio se complementó con barcos británicos arrendados, incluidos dos cruceros (HMS «Danae”/ ORP «Conrad” y HMS «Dragon”/ ORP «Dragon”), siete destructores, tres submarinos y varios buques de ataque rápido más pequeños. La Armada polaca luchó junto a las armadas aliadas en Noruega, el Mar del Norte, el Atlántico y el Mediterráneo, y ayudó en la escolta de los convoyes del Atlántico y el Ártico, en los que se perdió el ORP «Orkan” en 1943. Los buques de guerra polacos participaron en el hundimiento. del acorazado alemán «Bismarck» , y en el Desembarcos en Normandía durante el Día D. Durante el transcurso de la guerra se hundieron un crucero, cuatro destructores, un minador, un torpedero, dos submarinos y algunos buques más pequeños (cañoneras, cazaminas, etc.); en total, se perdieron veintiséis barcos, la mayoría en septiembre de 1939. Además de participar en el hundimiento del «Bismarck», la Armada polaca hundió un destructor enemigo y otros seis barcos de superficie, dos submarinos y varios buques mercantes.
