A pesar de que las operaciones de submarinos en la región (centradas en el Estrecho del Atlántico entre Brasil y África Occidental) comenzaron en el otoño de 1940, sólo al año siguiente esto empezó a generar seria preocupación en Washington. Esta amenaza percibida hizo que Estados Unidos decidiera que la introducción de fuerzas estadounidenses a lo largo de la costa de Brasil sería valiosa.
Después de negociaciones con el ministro brasileño de Asuntos Exteriores, Osvaldo Aranha (en nombre del dictador Getúlio Vargas), se introdujeron en la segunda mitad de 1941. Alemania e Italia posteriormente ampliaron sus ataques submarinos para incluir barcos brasileños dondequiera que estuvieran, y desde abril de 1942 fueron encontrado en aguas brasileñas. El 22 de mayo de 1942, el primer ataque brasileño (aunque fallido) fue llevado a cabo por aviones de la Fuerza Aérea Brasileña contra el submarino italiano «Barbarigo». Después de una serie de ataques a buques mercantes frente a la costa brasileña por parte del U-507, Brasil entró oficialmente en la guerra el 22 de agosto de 1942, ofreciendo una importante adición a la posición estratégica aliada en el Atlántico Sur.
En la Segunda Guerra Mundial, la marina brasileña quedó obsoleta. A principios de 1942, los submarinos alemanes tenían como objetivo impedir que los suministros llegaran a Gran Bretaña y la Unión Soviética. Entre 1942 y 1944, la marina de Brasil contó con el apoyo de la Marina de los Estados Unidos. Durante este período se establecieron varias bases navales en el Norte y Nordeste de Brasil, convirtiéndose en la sede del Comando Aliado Atlántico Sur.
Dentro de sus limitaciones y con el reacondicionamiento y reorganización promovidos con recursos estadounidenses, la Armada de Brasil participó activamente en la lucha contra los submarinos en el Atlántico Sur, Central y también en el Caribe. Protegían los convoyes aliados con destino al norte de África y el Mediterráneo. Entre 1942 y 1945 la marina fue responsable de realizar 574 operaciones de convoyes protegiendo a 3.164 buques mercantes de diversas nacionalidades. Los submarinos enemigos lograron hundir sólo tres barcos. Según documentación alemana, la Armada brasileña realizó más de sesenta y seis ataques contra submarinos alemanes.
Alrededor de 1.100 brasileños murieron durante la Batalla del Atlántico como resultado del hundimiento de 32 buques mercantes brasileños y un buque de guerra. Entre los 972 muertos de los buques mercantes, 470 eran tripulantes y 502 pasajeros civiles. [53] Además de estos, 99 marineros murieron en el hundimiento del Vital de Oliveira cuando fue atacado por submarinos alemanes, además de unas 350 muertes en accidentes que resultaron en el hundimiento de la corbeta Camaquã el 21 de julio de 1944. El crucero Bahía fue hundido por una explosión el 4 de julio de 1945 que provocó la muerte de más de 300 hombres.
